No se conoce la causa que origina las aftas, pero se sabe que hay diversos factores desencadenantes relacionados, como la mordedura, procesos dentarios, algunos tipos de alimentos, fármacos, estrés y brotes premenstruales. La gran mayoría está relacionada con infecciones virales que afectan la boca. Sin embargo, hay otras causas bastante comunes, como el estrés, deficiencias nutricionales (en especial la falta de hierro, vitamina B12 y ácido fólico) y heridas en la cavidad bucal causadas por mordiscos o por frenillos dentales.
